横浜の一軒家に住むくんちゃん（声：上白石萌歌さん）は、ワガママで甘えん坊の4歳児です。
大好きなお母さん（声：麻生久美子さん）が出産のため留守にしていましたが、ついに赤ちゃんを連れて家に帰ってきました。
大喜びしたのも束の間、お父さん（声：星野源さん）もお母さんもミライちゃんの育児に追われ、くんちゃんに構ってくれません。
これまで両親の愛情を一身に受けてきたくんちゃんは納得がいかず、ミライちゃんに嫉妬していたずらを繰り返します。
いたずらがお母さんに見つかり注意されますが、それでも止めず、さらに電車のオモチャでミライちゃんの頭を叩いてしまったことによりお母さんを大激怒させてしまいます。
それでもくんちゃんは謝りもせずに泣きじゃくり、完全に赤ちゃん返りの状態となってしまうのでした。
そんな中、くんちゃんの前に謎の男（声：吉原光夫さん）が姿を現します。
謎の男は「くんちゃんが産まれる前はお父さんとお母さんにとても大事にされていたのに、くんちゃんが産まれてからは雑な扱いをされ、すっかり愛を失くしてしまった」と話します。
男の尻には尻尾が生えていたことから、くんちゃんは謎の男の正体が愛犬・ゆっこであることに気付くのでした。
その後、お母さんがいよいよ仕事に復帰する日がやってきます。
お父さんが家でお仕事をしながらミライちゃんのお世話をすることになりますが、慣れない育児にてんやわんやです。
そんな中くんちゃんは一層疎外感を感じ、悔しくてミライちゃんの顔にクッキーを並べて遊んでいました。
そんなくんちゃんの前に制服を着た謎の少女が現れ、「お兄ちゃん、わたしの顔で遊ばないで！」と注意します。
その少女は何と、未来からタイムスリップしてきた成長したミライちゃん（声：黒木華さん）だったのです。
未来のミライちゃんは、お父さんが雛人形をいつまでたっても片付けてくれないことをとても気にしており、早く片付けてもらわないと婚期が遅れると焦っているのでした。
そこで、くんちゃんと人間の姿のゆっこと協力して何とか片付けることに成功します。
ある日くんちゃんが庭に出てみると、そこは見知らぬ町でした。
ふと見ると泣いている少女（声：雑賀サクラさん）が目に入り、声を掛けます。
よく見るとその少女は以前アルバムで見たお母さんの少女時代にそっくりでした。
幼いお母さんは猫を飼いたがっていましたが、猫アレルギーの祖母がいるため許してもらえず、手紙を書いて母を説得しようと考えていました。
泣いていたのは悲しいからではなく、泣きながら手紙を書くことでより感情のこもった手紙が書けるのではないかと思ったからでした。
幼いお母さんはくんちゃんを家に招き入れ、一緒に部屋を散らかし始めました。
部屋を思い切り散らかして楽しんでいるところに、幼いお母さんの母が帰宅します。
大激怒され、幼いお母さんが泣いている様子をくんちゃんは外でそっと聞いていました。
ある日、くんちゃんはお父さんとミライちゃんの3人で公園に出掛けます。
まだ自転車に乗れないくんちゃんは、少し年上の子供たちが補助輪なしで走っているのを見て、自分も補助輪を外してもらいます。
そこへ子供たちが「教えてあげるよ」と言ってくんちゃんに近づいてきたので、お父さんは泣いているミライちゃんのところへ行ってしまいました。
くんちゃんはそんなお父さんを見て悲しくなり、すっかり機嫌を損ねてしまうのでした。
そんなくんちゃんの前に、工場でバイクを直している一人の青年（声：福山雅治さん）が現れます。
青年は戦争で片方の足を悪くし、歩きにくそうにしていました。
くんちゃんは青年に馬やバイクに乗せてもらい交流を深め、青年から「下ばかり見るな。ずっと先を見ろ」とアドバイスをもらうのでした。
現実に戻ったくんちゃんは、青年のアドバイス通り一生懸命に自転車に乗る練習をし、ついに補助輪なしで走ることに成功します。
大喜びするお父さんとお母さんに褒められ、くんちゃんは久しぶりに明るい気持ちになります。
そしてくんちゃんはアルバムを見て、馬やバイクに乗せてくれた青年が”ひいおじいちゃん”だったことに気付くのでした。
夏休み、くんちゃん一家は車でキャンプに出掛ける準備をしていました。
お父さんもお母さんも準備に追われている中、くんちゃんは着ていく洋服のことでワガママを言い出します。
お母さんが注意すると、またしても疎外感から機嫌を損ね、庭に飛び出します。
するとそこは見知らぬ駅の待合室で、高校生の少年（声：畠中祐さん）が椅子に腰かけていました。
少年はくんちゃんに「ワガママ言ってないで家族に楽しい思い出づくりをさせてやれよ」と声を掛けます。
しかし、くんちゃんと言い合いになってしまった挙句、興奮したくんちゃんはホームに入ってきた電車に乗り込み、一人でどこかに行ってしまうのでした…。
