14歳の小人の少女・アリエッティは、両親と郊外にある古い屋敷に密かに暮らしていました。
彼らは先祖代々、人間の住処から必要な生活物質を借りて暮らす“借りぐらし”の種族なのです。
彼ら種族には、“人間に絶対見られてはいけない”という規則がありました。
しかしある日、彼らが身を隠す屋敷に、療養のため翔という少年がやってきました。
彼は生まれつき心臓が弱く、過度な運動はできない体です。
もともと彼の祖母が暮らす家でしたが、子供が現れたことでアリエッティ一家はさらに用心します。
その晩、アリエッティは父親と“狩り”に出る予定でした。
“狩り”とは、人間の住処から物資を拝借することを言います。
初めての“狩り”に胸を躍らせていたアリエッティでしたが、運悪くその最中を翔に見られてしまいます。
彼女を見た翔は、母親から「昔からこの家には小人が住んでいる」と聞いていたので、さほど驚きませんでした。
その一方、自分の姿を見られてしまったアリエッティは、あまりのショックで狩りで獲った角砂糖を落としてしまいます。
その晩、彼女は酷く落ち込みました。
しかし次の日、翔はアリエッティ一家が隠れ住む軒下に角砂糖を届けます。
人間との接触を禁じられている彼女は、彼に自分とこれ以上関わってはいけないと警告します。
それでも翔は、彼女についてもっと知りたいと思います。
何故なら彼は、両親の離婚により家族との交流があまりないまま育ったため、孤独を抱えていたのです。
そんな彼を可哀想に思ったアリエッティは複雑な感情を抱くようになります。
そんな中、屋敷の家政婦であるハルがアリエッティ一家の存在に徐々に気づきはじめ、ネズミ駆除会社に連絡をとろうとしていました。
日に日にアリエッティたちの存在を怪しむハル。
ここから、アリエッティ一家と彼らの行く手を阻むハルとの闘いが始まります。
翔もまた、アリエッティ一家をハルから守るため、病身を押さえて奮闘します。
果たしてアリエッティたちの運命は——。
